Fondée en avril 1987 à l'initiative de Jean-Émile Humblet et de Françoise Vieujeant, son épouse, la Fondation a été érigée en mémoire de leurs deux enfants décédés accidentellement, Pierre-Marie et Jean-François Humblet. Geste de générosité et d'espérance, la Fondation s'adresse prioritairement aux jeunes Wallons, qu'elle cherche à sensibiliser à l'importance des enjeux régionaux.

De 1987 à 1991, la Fondation s’est attachée à la construction de sa maison à Louvain-la-Neuve, lieu de la plus grande concentration de jeunes de la Région wallonne. Celle-ci fut inaugurée en octobre 1991, par une exposition consacrée à L'imaginaire wallon dans la bande dessinée. Installée au rez-de-chaussée, elle loue le reste de son bâtiment et dispose au 1er étage d'une salle polyvalente qui, au fil des ans, est devenue un haut lieu de la vie culturelle et associative de la Ville.

Au cours de ses premières années de fonctionnement, la Fondation s’est engagée essentiellement au service du public des jeunes adultes et des formateurs, en cherchant à leur fournir des instruments de travail et d’animation susceptibles de répondre à leurs besoins en termes de réflexion régionale. Par l’organisation d’un prix enseignement supérieur récompensant des travaux de fin d’études (mémoires et thèses) et par des activités de réflexion et d’action structurées en cycles thématiques de trois ans donnant lieu à un grand colloque et à des actions de vulgarisation. Après des cycles consacrés à «L’imaginaire wallon», aux «Lieux de mémoire de Wallonie», aux problématiques «Enseigner la Wallonie et l’Europe» et «L’enseignement des langues en Wallonie», la Fondation s’attèle aujourd’hui au thème «Entreprendre en Wallonie». Ces thèmes triennaux ont donné lieu à une dizaine de publications disponibles à la Fondation.

Événement important, en octobre 2000, la Fondation a célébré les 80 ans de son Fondateur, Jean-Émile Humblet. Ce fut l’occasion d’organiser un colloque sur le thème «Enseigner la Wallonie et l’Europe», thème cher au Fondateur et qui illustre parfaitement ses engagements multiples. Ce fut aussi l’occasion d’organiser, durant le colloque, une cérémonie d’hommage au cours de laquelle furent rappelées les grandes étapes de sa carrière et ses actions, nombreuses et diversifiées, notamment au service de l’enseignement, de la Wallonie et de l’Europe. Les actes de ce colloque et les discours de la cérémonie d’hommage ont été publiés.

Timidement d’abord, à partir de l’année 1995-1996, plus fermement ensuite, à partir de l’année 2000-2001, la Fondation a investi le secteur de l’enseignement fondamental et secondaire. Par l’organisation d’un prix destiné à l’enseignement primaire et secondaire et par des formations destinées aux enseignants. Le prix est organisé un an sur deux, alternativement pour le primaire et le secondaire. Il s’agit de promouvoir des travaux de groupes interdisciplinaires qui amènent élèves et enseignant à réfléchir sur une problématique wallonne. Les formations complètent cette action, par des sessions centrées sur les thèmes de réflexion traités entièrement par la Fondation.

Le 19 février 2008, la Fondation wallonne Pierre-Marie et Jean-François Humblet a célébré son vingtième anniversaire lors d’une séance académique tenue au Parlement wallon à Namur. A cette occasion, un volume commémoratif a été publié.
Jean Pirotte, président de la Fondation, y a évoqué Vingt années d’action wallonne : bilan et perspectives, tandis qu’une conférence a été donnée par Jean-Marie Klinkengerg sur le thème Mémoires régionale et nationale : nostalgies dérisoires ou pierres d’attente pour l’avenir.
Ces interventions ont été suivies de la remise des prix 2006 et 2007 de la Fondation par José Happart, président du Parlement wallon, et du vernissage de l’exposition L’émigration wallonne vers la Suède au XVIIe siècle. Histoire et mémoire.