Fondée en avril 1987 à l'initiative de Jean-Émile Humblet et de Françoise Vieujeant, son épouse, la Fondation a été créée en mémoire de leurs deux enfants décédés accidentellement, Pierre-Marie et Jean-François Humblet.
Geste de générosité et d'espérance, la Fondation s'adresse prioritairement aux jeunes Wallons, qu'elle cherche à sensibiliser à l'importance des enjeux régionaux.

La Fondation a choisi de s’installer à Louvain-la-Neuve, lieu de la plus grande concentration de jeunes de la Région wallonne, où de 1987 à 1991, elle s’est attachée à la construction de sa maison.
Le bâtiment fut inauguré en octobre 1991 par l’exposition L'imaginaire wallon dans la bande dessinée.
Installée au rez-de-chaussée, la Fondation loue le reste de son bâtiment et dispose au 1er étage d'une salle polyvalente qui est devenue, au fil des ans, un haut lieu de la vie culturelle et associative de la Ville.

Au cours de ses premières années de fonctionnement, la Fondation s’est engagée essentiellement au service du public des jeunes adultes et des formateurs.
Elle cherche à leur fournir des instruments de travail et d’animation susceptibles de répondre à leurs besoins en termes de réflexion régionale.
C’est pourquoi elle organise notamment un Prix Enseignement Supérieur récompensant des travaux de fin d’études (mémoires et thèses) et des activités de réflexion et d’action structurées en cycles thématiques de trois ans donnant lieu à un grand colloque et à des actions de vulgarisation.
Après des cycles consacrés à L’imaginaire wallon, aux Lieux de mémoire de Wallonie, aux problématiques Enseigner la Wallonie et l’Europe et L’enseignement des langues en Wallonie, la Fondation la Fondation s’attelle aujourd’hui autour du thème Le développement durable en Wallonie.
Ces thèmes triennaux ont donné lieu à une dizaine de publications disponibles à la Fondation (voir Publications).

Timidement d’abord, à partir de l’année 1995-1996, plus fermement ensuite, à partir de l’année 2000-2001, la Fondation a investi le secteur de l’enseignement fondamental et secondaire, par l’organisation d’un Prix Enseignement Fondamental et Enseignement Secondaire, ainsi que par des formations destinées aux enseignants.
Le prix est organisé un an sur deux, alternativement pour le primaire et pour le secondaire. Il s’agit de promouvoir des travaux de groupes interdisciplinaires qui amènent les élèves et leur(s) enseignant(s) à réfléchir sur une problématique wallonne. Les formations complètent cette action par des sessions centrées sur les thèmes de réflexion traités entièrement par la Fondation.

Le 19 février 2008, la Fondation wallonne Pierre-Marie et Jean-François Humblet a célébré son vingtième anniversaire lors d’une séance académique tenue au Parlement wallon à Namur. À cette occasion, un volume commémoratif a été publié.
Jean Pirotte, président de la Fondation, y a évoqué Vingt années d’action wallonne : bilan et perspectives, tandis qu’une conférence a été donnée par Jean-Marie Klinkengerg sur le thème Mémoires régionale et nationale : nostalgies dérisoires ou pierres d’attente pour l’avenir.
Ces interventions ont été suivies de la remise des prix 2006 et 2007 de la Fondation par José Happart, président du Parlement wallon, et du vernissage de l’exposition L’émigration wallonne vers la Suède au XVIIe siècle. Histoire et mémoire, dont le catalogue est disponible.